肝脏多发囊肿通常是良性的疾病，一般无需处理。因为肝脏多发的囊肿，通常情况里面是一泡清水，就是单纯性的肝囊肿，这种情况即使是肝多发的囊肿，如果肝功能正常，没有什么症状，可以暂时不用特别处理，继续观察就好。
但是如果是有症状，比如是多囊肝，就是肝多发囊肿，影响肝脏的功能，要进一步的处理，比如做肝囊肿的开窗引流，如果再多，就是整个肝脏都被肝脏囊肿占据，正常的肝组织已经很少，这种情况就相对比较严重了，可能会需要做肝脏的移植，否则多囊肝进一步进展，可能会引起肝脏衰竭，当然在临床上是相对比较少的情况。
还有一种情况就是囊肿里面不是清水，是跟胆管通的，这种情况需要进一步的处理，因为有的时候可能会引起发烧，因为胆汁存在囊泡里面，会激发胆道的胆汁的感染，所以这种情况需要外科的紧急处理，需要做肝脏的切除的手术。
还有一种情况其实不是肝囊肿，是胆管扩张，也就是Caroli病，需要到上级医院进一步地区分。如果只是一个水泡，可以再看看。如果是Caroli病，就不是肝脏的囊肿，而是扩张的胆管，误以为是肝脏的囊肿，需要外科手术进一步处理。