肠道穿孔做两次手术，绝大部分是因为肠穿孔后，大量的带菌的消化液、肠道内容物，包括食物进入到腹腔内。
如果穿孔的时间比较长，腹腔污染特别严重，在感染的情况下，将穿孔修补，或者把小肠切除后直接吻合，这个吻合口或者修补口愈合的能力会非常差，有很大几率会出现肠瘘的风险。
此时会选择先将穿孔处的肠子拖出腹壁外，进行肠道的造口，待到腹腔内炎症好转消失后，再做二期手术，将造口处的肠管还纳，这样为了尽可能地减少被迫二次手术的这种风险。
另外还有部分患者二次手术是因为做完肠道穿孔手术后，腹腔污染严重，腹壁创面比较大，会引起肠道的粘连、肠梗阻，如果出现这种情况，内科保守治疗无效，同样可能需要做二次手术。