小孩支原体感染治疗相比普通的细菌、病毒感染的治疗困难，通常要考虑孩子有无基础病，如免疫力下降、感染的严重程度，以及临床症状是否严重、肺部影像学是否严重来综合判断。
小孩支原体感染，大部分情况用大环内酯类药物治疗，治疗效果不错，常用阿奇霉素类药物、罗红霉素胶囊等。同时还要做好止咳化痰等对症支持治疗，必要时可以做雾化治疗，疗程一般是3-4周。
部分小孩肺部影像学改变比较严重，咳嗽比较厉害，特别是反复高烧不退、精神症状差的孩子，治疗起来比较困难。
部分孩子可能对大环内酯类药物有耐药的情况，就需要根据药物敏感试验，以及耐药基因检测的结果，来选择适合的抗支原体治疗的药物。
同时也要加强营养，做好对症治疗，特别严重的情况可能还需要用激素类药物短期治疗。