与其他肿瘤一样，甲状腺癌细胞容易经过淋巴管转移，沿途的淋巴结就成为癌细胞的中转站和庇护所。颈部中央区淋巴结往往是转移的第一站，随后可能转移到侧颈部、以及更远的淋巴结。
此时，即便切除了全部腺体组织，淋巴结里的癌细胞也已经埋下了转移和复发的种子。淋巴结清扫的目的就是彻底清除癌细胞可能潜伏的哨点，清扫的方式具体如下：
1、根治性清扫术：这是最早开展的术式，是指清扫全颈淋巴结，同时切除同侧胸锁乳突肌、颈内静脉、副神经等组织，保留颈总动脉、迷走神经及交感神经，目前逐渐被功能性清扫术取代；
2、功能性清扫术：清扫全颈淋巴结，但保留胸锁乳突肌、颈内静脉、脊副神经，或其中部分；
3、择区性清扫术：选择性清扫一个区域的淋巴结，如中央区或侧颈区；
4、扩大清扫术：如果转移淋巴结有明显外侵的情况，侵犯颈内静脉、胸锁乳突肌等，需要做扩大清扫。清扫Ⅰ-Ⅴ区，或加Ⅵ、Ⅶ区淋巴结。同时切除被肿瘤侵犯的组织，包括颈总动脉、迷走神经及膈神经等。
目前甲状腺癌多选取择区性的中央区清扫、或功能性侧颈区清扫。