慢性结肠炎是有不同病因，针对不同病因，患者需要在医生的指导下，使用柳氮磺吡啶肠溶片、美沙拉嗪肠溶片进行治疗，配合肠炎宁片、双歧杆菌三联活菌胶囊，必要时使用醋酸泼尼松片等，可能达到较好的疗效。
1、柳氮磺吡啶肠溶片：属于磺胺类的抗菌药物，主要成分是柳氮磺吡啶，患者配合医生使用后，可以起到抗菌和免疫抑制的作用。
2、美沙拉嗪肠溶片：可以用于慢性结肠炎的治疗，包括急性发作期，也可以用于防止复发的维持期治疗，该药物可以对肠道黏膜中的前列腺素的含量产生影响，具有一定的抗炎作用。
3、肠炎宁片：本品为中成药制剂，主要成分为地锦草、金毛耳草、樟树根等，可以改善肠炎，包括慢性结肠炎患者腹泻、腹痛、腹胀的症状，具有清热利湿、行气的功效。
4、双歧杆菌三联活菌胶囊：属于一种复方益生菌制剂，可以改善患者肠道菌群失调引发的腹泻、便秘等，以及辅助治疗肠道菌群失调所造成的内毒素血症，激发机体免疫力。
5、醋酸泼尼松片：属于一种肾上腺皮质激素类药物，遵医嘱使用后可以减轻炎症的表现，防止或抑制细胞介导的免疫反应，适合于中重度肠炎或者慢性结肠炎患者 。
除了上述的药物以外，患者还可以吃蒙脱石散、盐酸环丙沙星胶囊等药物来进行治疗，肠结核引起的肠炎，需要抗结核治疗。需要注意的是，可以选择的药物较多，建议在医生的综合判断下使用，避免自行盲目用药。