持续性心房颤动>48小时或电转复无法维持窦性节律的，可以考虑手术治疗。对于阵发性或持续时间≤48小时的房颤，一般可以通过药物或电转复治疗，不需要手术。对于慢性的房颤，但心室率并不高的患者，也要考虑是否适合做手术治疗。
手术治疗房颤的方式，包括迷宫手术，肺静脉隔离手术。通过在心房内划伤损伤组织，阻断异常的电环路来实现对房颤的治疗。但是由于手术的风险较大，是否手术需要权衡年龄、基础疾病、术后生活质量等因素综合考虑。
对于年龄较大的患者，基础疾病比较多的患者，在药物控制症状的前提下，也可以不手术。主要可以通过药物控制心室率，同时服用一些抗凝药物，防止血栓的形成。
对于伴有严重心衰的永久性的房颤，还可以考虑心脏移植，但是这种情况很少采用。所以除了特殊情况外，房颤是否必须手术，还是需要根据病情的个体化评估来决定，手术并不是唯一的选择。