真菌性鼻窦炎主要是由鼻腔结构异常、长期滥用抗生素、糖尿病、滥用药物等原因导致。
1、鼻腔结构异常：如果患者长期有鼻中隔偏曲有鼻甲肥U钩突肥大钩突，反向弯曲等相关的因素存在，容易导致患者鼻窦内通畅引流不佳，时间久了容易出现真菌的生长繁殖。
尤其是患者工作环境生活环境特别脏，空气中漂浮的真菌可以进入鼻腔内，在鼻腔内繁殖生长。也可以形成真菌性鼻窦炎，这种情况大多数以真菌性上颌窦炎、真菌性蝶窦炎比较多，见于真菌性筛窦炎，临床上比较少见，额窦炎应该也是存在的。
2、长期滥用抗生素：导致抗生素细菌生长，受抑制相反，真菌生长会出现活跃，曾经在鼻腔内生长繁殖形成真菌性鼻窦炎。
3、糖尿病：有的患者长期糖尿病导致机体的抵抗力免疫力低下，当抵抗力低下的时候容易导致患者出现鼻腔内真菌的生长繁殖。
4、滥用药物：长期应用激素等药物有关系，或者应用免疫抑制剂等药物有关系，上述药物也是诱发患者形成鼻窦真菌的原因之一。
当然很多患者可能是与一个原因有关系，也可能是与多个原因有关，导致患者形成真菌性鼻窦炎。真菌性鼻窦炎一旦确诊，大部分患者需要进行手术治疗，药物治疗很难有彻底的治愈，好的效果。