化疗与放疗的副反应不尽相同，一般化疗的副反应比放疗的副反应要大。
化疗的副反应可出现消化道反应，表现为食欲下降、恶心呕吐等，经过止吐对症治疗后，消化道反应可明显减轻，甚至是不出现消化道反应。
其次是骨髓的抑制，表现为粒细胞下降，血小板减少以及贫血。另外，化疗的主要副反应也可表现为肝、肾功能的损伤，由于大部分化疗药物是经过肝肾代谢，因此有一定的肝肾功能损伤的副作用。
化疗还可以引起脱发、骨关节疼痛、心脏损伤、周围神经损伤、肺纤维化等副作用。放疗的副反应主要是放疗照射野内的组织、器官的不良反应，很少会引起全身的不良反应。
常见的乳腺癌放疗副反应主要表现为照射野内的皮肤反应，包括色素沉着、干性、湿性的皮肤反应，肺癌放疗的副反应最常见的是放射性肺炎。
头颈部肿瘤放疗主要反应为照射皮肤及口腔黏膜反应，也就是说放疗基本上只对照射部位的组织、器官有损伤，对于照射野外的正常组织是没有损伤的。