桂枝茯苓丸不建议长期吃，疾病治愈就应该停止，桂枝茯苓丸有副作用，但是根据每个人的体质不同，以及疾病的程度不同，所以吃药的时间，副作用的大小都是不同的。
桂枝茯苓丸具有很好的活血化瘀功效，临床上经常被女性用来治疗很多难治性的疾病，像子宫内膜炎、附件炎、月经不调、痛经，以及流产后阴道出血、子宫肌瘤、宫外孕、不孕症、卵巢囊肿等等。部分疾病是恶性的，所以应用桂枝茯苓丸的时间会延长，也会出现相关的副作用。
副作用主要会表现为对于肝肾功能造成影响，对于脾胃功能造成不利的影响，容易出现过敏，容易出血等，需要医生根据患者的情况进行检查，来进行对症的处理。
桂枝茯苓丸是不错的活血药，故而孕妇不能吃。应用该药期间的饮食，可以吃容易消化的食物，不要吃过于生冷、油腻的食物。