直肠位于盆腔内，为消化道的终末段，直肠解剖学上的上中下段分界尚无统一标准，常用的是外科直肠分段标准。尽管直肠的长度相对恒定，但个体之间仍有较大差异。
从外科学角度提出的直肠分段应该更合乎实际需要，分段标准大致为肛管-齿线以下到肛缘的距离，约为2.0-3.0cm，直肠下段为距肛缘6.0cm以下至齿线的距离，直肠中段为距肛缘6.0-8.0cm范围内的直肠，上界为腹膜反折水平。直肠上段为距肛缘8.0cm以上的直肠，即腹膜反折水平以上的直肠。
直肠上端与乙状结肠交接处的管径较细，肠腔向下显著膨大，称直肠壶腹。直肠内面有3个直肠横襞，由黏膜及环行肌构成，具有阻挡粪便下移的作用。当直肠受损时会引起严重的直肠周围间隙感染，需与腹膜炎相鉴别。