手淫可能会影响阴茎发育，也可能不会影响，与男性的年龄、手淫的频率有关，如果阴茎出现短小的情况，建议在医生指导下进行针对性治疗。
如果处于青春期，此时阴茎还在生长发育的过程中，若频繁手淫，或是不正确手淫，可能会对局部造成一定的损伤，引起局部瘢痕形成以及纤维化。若不注意个人卫生，还可能会诱发包皮龟头炎、前列腺炎等，从而会影响阴茎发育。如果是成年人，阴茎不会继续发育，平时偶尔手淫通常不会影响阴茎，但若过度手淫可能会导致阴茎损伤，诱发炎症，不利于身体健康。因此建议青春期的男性学习生理知识，成人男性注意规律性生活，都需养成良好的生活习惯，注意个人卫生，保持生殖器部位清洁，勤洗澡，勤换洗内裤、床单等，学会自我克制，避免过度手淫。
如果阴茎出现疼痛、红肿等不适症状，建议及时去医院男科或泌尿外科就诊，通过视诊、血常规、B超等相关检查明确病情，积极配合医生治疗。