现在绝大多数医院进行针灸时，选用的是一次性针具，治疗后不再重复使用，会直接丢弃，所以不存在消毒的问题。有的医院可能还在使用重复利用的针具，一般选择酒精消毒或者高温高压蒸汽灭菌消毒。
在一些等级较低的诊所或者乡镇医院，可能会选择75%酒精浸泡针灸针进行消毒，一般需要浸泡30分钟以上。但需要注意，长时间使用酒精浸泡，容易对针具造成腐蚀、损伤，可能会使针尖变钝，增加患者的疼痛。另外，也无法保证消毒是否严格、彻底。
另外，还可选择高温高压蒸汽灭菌消毒，一般在针灸针使用后直接装入硬质容器中，由消毒供应中心统一回收，密闭后再运送。针灸针送至回收间，需要用自来水冲洗，然后放于超声清洗机内加入多酶清洗剂，持续清洗5-10分钟，清洗结束后用自来水漂洗，再使用蒸馏水进行终末漂洗。
针灸针干燥后，置入75%酒精中浸泡30分钟，放入切断电源的烘干箱，利用余热进行干燥。经过严格消毒灭菌处理后，送往检查打包间进行分类，用纱布擦拭针尖，检查针尖有无倒刺等损伤，清除不合格的针灸针，然后将包装好的针灸针进行压力蒸汽灭菌。
现在更推荐使用一次性针具进行针灸，这样可以从根本上杜绝血液疾病 传播的可能。另外，不要自行盲目针灸，需要由专业医生进行操作。