核磁共振是临床常用的一项检查，适用于眼耳鼻喉疾病、呼吸系统疾病、消化系统疾病、泌尿生殖系统疾病、中枢神经系统疾病、心血管系统疾病的筛查，具有诊断意义。
1、眼耳鼻喉疾病：通过核磁共振检查眼、耳、鼻、喉，若出现低信号影，可确诊耳结石、鼻息肉等疾病；
2、呼吸系统疾病：核磁共振可以清晰辨别软组织，并明确肿瘤与血管的关系，适用于诊查纵膈肿瘤、中央型肺癌等疾病；
3、消化系统疾病：在消化系统中，核磁共振出现呈圆形、类圆形的低信号影，可用于判断肠胃结石、胃肿瘤、肠肿瘤等疾病；
4、泌尿生殖系统疾病：核磁共振可以清晰了解该系统器官有无管壁增厚、管腔扩张等情况，用于筛查输尿管梗阻、输尿管结石、子宫内膜异位症等；
5、中枢神经系统疾病：核磁共振能够对脑细胞的活动情况、颅内血液循环情况等做出判断，还可以发现异常占位，能够检查出颅内感染、脑积水、脑出血、脑肿瘤等；
6、心血管系统疾病：核磁共振可以显示出受检者心脏结构、心室大小、大血管的形态，能够判断先天性心脏病、冠心病、心肌梗死等。
核磁共振适用于多系统疾病的判断，但该项检查要求患者不能携带金属物品，如安装心脏起搏器、金属节育环等，不能在安装部位进行核磁共振检查。