月经结束后小腹隐痛可能是排卵期引起，也可能是盆腔炎、阑尾炎、子宫内膜异位症等因素所致，建议在医生指导下进行针对性治疗。
1、排卵期：指卵细胞和周围卵丘颗粒细胞一起被排出的过程，一般来说在排卵期不会出现明显症状，但也有少数人会出现不适的症状，如轻微腹痛或腰酸等，属于正常生理现象，能够自行消失，无需特殊处理。
2、盆腔炎：月经期免疫力较弱，如果未注意卫生易受病原菌的感染，当病原体侵入组织并大量繁殖时就会引起炎症，炎症不断刺激可导致下腹痛，可遵医嘱使用盐酸多西环素胶囊、甲磺酸左氧氟沙星片等药物治疗。
3、阑尾炎：通常是阑尾管腔阻塞、微生物感染等因素导致阑尾发生炎性病变，通常与月经无关，发生阑尾炎时微生物如细菌分泌毒素，损伤阑尾的黏膜层甚至肌层，阑尾的痛觉信号传至相应的脊髓节段，引起该节段支配的体表部位的疼痛，可遵医嘱使用复方头孢克洛片、氨苄西林丙磺舒胶囊等药物治疗，还可通过阑尾切除术进行治疗。
4、子宫内膜异位症：通常是遗传、免疫与炎症因素等导致子宫内膜组织出现在子宫体以外的位置，月经期身体免疫功能减弱，无法正常清除异位内膜，从而会引起疾病，出现下腹痛和痛经、性交痛，甚至导致不孕，可遵医嘱使用布洛芬缓释胶囊、醋酸甲羟孕酮片等药物治疗。
除上述相对常见因素外，还可能存在其他疾病，如附件炎、子宫颈炎、卵巢囊肿、子宫颈肿瘤等因素都可能导致上述情况。如果出现腹痛等不适症状，建议及时去医院妇科就诊，通过血常规、腹部彩超等相关检查明确病情，积极配合医生治疗。