通常清除幽门螺杆菌的四联疗法结束后可暂停服药。对于单纯幽门螺杆菌感染，治疗4周后复查是否达到清除效果，如果没有清除需再次清除。
如果幽门螺杆菌感染造成其他疾病，如胃炎、糜烂性胃炎、胃溃疡或十二指肠溃疡等相关疾病，在2周清除治疗方案结束后，针对其他疾病还需用药处理，具体如下：
1、糜烂性胃炎：在清除治疗后病变可能没有愈合，可继续吃1-2周促进胃黏膜愈合的药物，如替普瑞酮、索法酮、瑞巴派特。同时服用1-2周奥美拉唑、雷贝拉唑等质子泵抑制剂，根据症状的改善决定是否停药；
2、胃溃疡：疗程是2个月，在清除幽门螺杆菌治疗结束后，继续进行抗溃疡治疗，通常是再治疗6周。抗溃疡治疗主要是使用质子泵抑制剂药物以及黏膜保护剂，如兰索拉唑、奥美拉唑、雷贝拉唑以及铝碳酸镁、硫糖铝凝胶或是替普瑞酮等；
3、十二指肠溃疡：用药通常与上述情况相似，总疗程是6周，在进行清除幽门螺杆菌治疗2周后，应继续服药4周。