跑步时小腿外侧疼痛原因如下：

1、跑得太快，或者急性加速、减速导致肌肉拉伤，导致局部的无菌性炎症，即水肿、淤血，一般可以采用热敷缓解症状，必要时需进行适当休息；

2、腰间盘突出的患者跑步时椎间盘压力增大，突出也加重，如腰3-4位置突出，跑步时髓核压迫神经根加重，也可出现小腿内侧疼痛。如果腰4-5位置突出，会出现小腿外侧或者足背、脚踝位置的疼痛。

如果经常出现跑步时小腿疼痛，每次疼痛部位都比较类似，需尽量到医院就诊治疗，以免髓核突出或者钙化，甚至造成椎间盘后缘离断、骨化等，往往会给微创治疗带来很大的挑战，而且增加了患者术后复发的概率。