机体缺碘可导致甲状腺激素合成原料减少，此时最主要的危害是容易产生甲状腺功能减退症。

临床上见得最多的就是地方性甲状腺肿伴甲状腺功能减退症。因为在一些地区远离海边，而碘主要存在于海产品中，包括海盐、海鱼、海虾、海菜等，所以食物中含碘量比较少。

此外，碘是机体合成甲状腺激素的原料，碘在甲状腺细胞内聚集通过碘化酪氨酸合成单碘酪氨酸、双碘酪氨酸、三碘酪氨酸、四碘酪氨酸，即甲状腺激素。

而甲状腺激素是维持人体代谢的兴奋性激素，当碘过度缺乏时甲状腺激素合成的原料减少，此时可导致甲状腺功能减退症。

此外，甲状腺激素合成不足时，促甲状腺激素水平升高。而促甲状腺激素水平是由下丘脑、垂体所分泌，该激素可让甲状腺组织增生、肥大，从而多合成甲状腺激素，此时容易造成甲状腺肿大，即俗称的大脖子病。