青少年的情绪障碍能够治愈，病程大多较短暂，一般不会延续到成年期且预后良好。治疗原则以心理治疗为主，包括支持性心理治疗、家庭治疗和行为治疗，具体情况如下：
1、支持性心理治疗：在支持性心理治疗当中，应该耐心倾听患者内心的体验，适当对患者的痛苦予以同情，同时指导患者适应环境，增加患者克服情绪障碍的信心。其次，患者要尽可能消除环境中的不良因素，如避免太多的家庭或学校的改变；
2、家庭治疗：首先要了解患者的家庭结构和功能，评估引起焦虑的家庭的动力学的原因。纠正患者跟父母之间不良的亲子关系，鼓励父母强化患者的独立能力， 家庭治疗的目的是让患者的父母尽可能给予患者更多感情上的支持和交流；
3、行为治疗：对于特定的恐怖障碍或社交障碍患者可以选择暴露疗法、系统脱敏疗法等一系列方案，通过治疗减轻患者症状。对于年长的儿童可以进行认知治疗，通过纠正患者对恐惧事物或情景不恰当的认知缓解焦虑情绪。
严重的青少年情绪障碍患者可以短时间内酌情使用苯二氮䓬类药物或具有抗抑郁作用的抗焦虑药物，如氟伏沙明、舍曲林。