体外冲击波碎石和体内碎石相比，体外冲击波碎石副作用小。体外冲击波碎石常常为非侵入性操作，病人躺到水囊上，通过X线或B超定位后，通过冲击波原理将结石打碎，冲击波常常在均匀介质中不释放能量，当碰到介质发生变化时，才会释放大量能量，如在组织中碰到较硬的结石时，才会释放能量，将结石打碎，因此体外冲击波碎石对身体损害较小。
体内碎石通常做输尿管镜碎石，病人需要经尿道插入输尿管镜，在插入过程中会导致黏膜损伤。输尿管镜碎石如果病人有输尿管狭窄时，还需通过输尿管镜鞘来扩张输尿管，也会导致输尿管局部损伤，病人有狭窄或水肿症状明显时，做输尿管镜碎石还容易导致输尿管损伤。输尿管镜碎石为侵入性操作，对病人的损害较体外冲击波碎石较大。