主动脉骑跨是复杂的紫绀型先天性心脏病的一种病理类型，患儿不可能只有主动脉骑跨，通常还会合并有室间隔缺损或其他的一些问题，如右室流出道狭窄等，所以患者是需要做一个彻底的纠治手术，而不是等待自愈。
主动脉骑跨常见于先天性心脏病中的圆锥动脉干畸形类疾病，比如法洛氏四联症或右室双出口。正常人的主动脉口应该在室间隔的左心室侧，而主动脉骑跨患者的主动脉开口是在室间隔缺损的上方，根据骑跨程度不同，可以是法洛氏四联症，也可以是右室双出口。右室双出口是指主动脉瓣基本上完全骑跨 到右心室一侧，这种骑跨不可能自愈，圆锥动脉干完全长成畸形，只能通过手术来治疗。