甲状舌管囊肿与鳃裂囊肿患者如果没有临床症状，只是在体检超声或拍X线片时发现，可继续观察，对于肿块不断变大，影响吞咽或其他功能，可考虑进行手术切除。对于囊肿合并有感染患者，突然出现增大、红肿以及疼痛症状时，通常建议在感染炎症控制后进行手术切除。
此外，囊肿出现感染后，常易再发第二次或第三次感染，感染发作次数后，会增加手术切除难度及术后复发概率。甲状舌管囊肿与鳃裂囊肿，均为颈部先天性疾病，且较为常见。通常甲状舌管囊肿在颈部正中线舌骨水平，即喉结上方常出现小球状的囊性肿块，而鳃裂囊肿一般出现在颈部两侧。