肝内胆管结石对于部分病人来讲可能不会引起疼痛，尤其是比较少的边缘性胆管结石。但是大部分的肝内胆管结石都会引起疼痛，堵塞肝内胆管，引起胆管发炎、化脓、黄疸、剧烈疼痛，少数病人还会发生癌变。临床中经常会碰到这样的案例，即由于长期的肝内胆管结石不手术，导致生肝癌或者胆管癌，也就是本来可以治好，最终发展变成绝症。
在20年前肝内胆管最容易发生威胁生命的是化脓性胆管炎，病人会发高烧、黄疸、颤抖、肚子疼，严重时可能会发生血压下降、感染性休克，称为急性化脓性胆管炎，此种情况会引起病人 的死亡。但近几年由于技术提高以及抗生素的应用，并发症已经相对比较少。