一般巴戟天的壮阳效果略好于蛇床子，但是这两个药各有专长。蛇床子具有温肾壮阳、燥湿杀虫的功效，在药效学、性味归经上性苦、辛，归肾经。蛇床子在温补肾阳的同时，具有燥湿杀虫的作用，一般可以用于一些下焦，即外阴的一些炎症。
巴戟天侧重于温补肾阳，并且有强筋骨、祛风湿作用，入肝经、肾经。中医讲肝肾同源，所以性味归经上巴戟天疗效更加广阔一点，并且有一定的解郁，即抗抑郁的作用。所以从肾经和肝经来讲，巴戟天效果更加广阔、更好一点。
但是这两种药各有所长，在选择药物的时候，需要根据病症的不同来选择使用，并没有绝对的哪个效果更好，只有适合的药物才更好。