一般服用益生菌不会造成肚子疼，但是有些病人服用益生菌是因为肚子疼或者腹泻这两种较多的因素。益生菌分为活菌制剂和菌株，还有一种是特殊的真菌制剂，其也称之为益生菌，这些都可以协助肠道菌群从不健康趋向于健康，所以不会造成肚子疼。有的病人吃了之后肚子疼，要具体分析：
1、是否之前就有肚子疼，吃了之后只是没有缓解；
2、如果确实是吃益生菌以后肚子疼，要考虑该药里是否有其它成分导致肚子疼，要进行药物调整，或者做其它检查排除是不是有其它问题而造成的肚子疼。
所以吃益生菌以后肚子疼，根据每个人的具体情况做具体分析，但总体而言，吃益生菌不会造成肚子疼。选择益生菌也较重要，多数病人拿着各种各样的益生菌来门诊询问医生这个能不能吃、这个好不好，多数都是在从网络上所购买的、都是来路不明的益生菌。
多数益生菌标得不清楚，含量也不清楚，这些就不建议吃。如果需要服用益生菌，建议到医院进行正规处方，服用正规益生菌。