无痛胃镜整体流程包括患者需要在预约时间段到就诊区等待，而后会有麻醉医生评估能否进行麻醉。同时注射留置针，服用去泡剂、咽部麻醉药物，最后进入诊室麻醉进行胃镜检查，此过程需要30-60分钟不等。
无痛胃镜检查过程中患者处于睡眠状态，对胃镜检查毫无知觉，检查过程一般需要10-15分钟左右。如果发现异常病变需要进行精细检查，例如放大、染色等操作，时间约为30-40分钟。胃镜检查结束后患者逐渐苏醒，时间根据麻醉药物用量，患者体质等略有差别，一般需要5-10分钟左右。恢复良好后在家属陪同下离开内镜室，检查当天患者可能会存在困倦、乏力、头晕等症状，因此检查结束后当天需要有家属陪同，并且避免驾驶机动车，避免进行高空作业。