肝内多发胆管结石的形成原因，主要如下：
一、解剖因素：
患者通常存在肝内胆管的多发狭窄，或肝内胆管汇合时角度过大，两者均会导致胆汁引流不畅，从而增加胆道内压力，促使胆管扩张，进一步加重胆汁淤滞，导致恶性循环，促使结石的形成和发展。
二、感染因素：
1、寄生虫感染：主要见于经济相对落后、卫生条件不好的区域，因为感染蛔虫、肝吸虫等虫体，在胆道内形成结石；
2、细菌感染：如进行Oddi括约肌切开成型，或Oddi括约肌功能比较紊乱，局部相对松弛，肠内容物及肠道内的细菌，容易沿胆道向上反流入肝，诱发肝内胆管多发弥漫结石的形成。
临床上对于肝内多发胆管结石的患者，需要结合具体情况分析病因，再决定具体的预防和治疗方案。