部分患儿有吸气性呼吸困难，怀疑喉部或者咽部气道有畸形或者软化，需要通过气管镜检查观察。部分患儿出现不明原因的气道阻塞，胸片表现为肺不张或者局限性肺气肿等，或疑似有异物吸入，胸片或者CT等影像学检查也表现为肺不张、肺气肿，均需进行气管镜检查。根据异物大小，可能需要选择比较粗的直接喉镜，如果异物比较小，可以选择纤支镜。部分不明原因的慢性咳嗽患儿，也需要通过气管镜观察肺部情况，并做相关病原学检查。
另外，部分患儿在同一部位有反复或者迁延不愈的肺炎，也需要用气管镜帮助诊断。 若出现结核，其它方法都不能明确，也可以用气管镜进行诊断。部分孩子需要采取下呼吸道标本进行病原学诊断，还有比较疑难的疾病，包括食管气管瘘、支气管胸膜瘘等诊断或者治疗，也可能会用到纤维支气管镜。如果有纤维支气管镜指征，医生肯定会和家长进行知情同意，经家长同意后，才能进行纤维支气管镜操作。