胃间质瘤整体治疗效果较好，总体治愈率在50%-70%。治疗后是否复发取决于肿瘤危险度。间质瘤手术后病理学诊断会进行风险评估，分为高危险度、中危险度和低危险度。
高危险度和中危险度间质瘤除手术治疗外，还需配合靶向治疗，以前靶向治疗时间为1年，目前公认治疗时间为3年，部分患者可能建议5年。此周期会存在部分患者发生耐药，当患者发生耐药时可能会出现肿瘤复发转移。
但间质瘤出现复发转移并不意味治疗失败，因目前间质瘤复发转移仍可通过手术、二线或三线靶向治疗药物控制肿瘤发展，延长患者生存时间。总之 胃间质瘤治疗好于胃癌治疗。