鼻窦炎患者可以进行手术治疗，且治疗效果较好。目前鼻窦炎手术比较普及，手术的安全性、有效性已经得到证实，在全身麻醉的状态下进行微创手术，可以减少手术时患者的痛苦，以及微创手术对患者的损伤较小，术后恢复较快。如果鼻窦炎患者经过药物治疗，效果不佳，或者存在鼻息肉、鼻腔结构异常，建议进行鼻窦炎的手术治疗。
手术可能会存在一定的并发症或后遗症，因此要求术者严格锻炼手术操作水平。目前对于鼻窦内镜而言，具有准入制度，即手术操作水平达到一定程度后，才可以进行鼻窦手术，可有效避免术中损伤眶底板、颅底等部位。如果出现眼眶内感染，可以导致患者的视力下降，甚至失明等。此外，需要有效防止损伤颅底，在一定程度上避免出现颅内感染的情况。术者进行手术操作时要轻柔，如果手术操作比较粗糙，可能导致鼻腔粘连。