肠功能紊乱的恢复时间，一般要看发生肠功能紊乱的时间，如果是短期内，因为急性胃肠炎、急性肠炎导致的肠功能紊乱，一般10天到半个月恢复正常，部分时间较长的可能需要3周。另外也要看基础肠功能的情况，如果是经常发作急性肠炎、有肠激惹综合征的患者，恢复可能时间要比较长，可能需要4-6周。如果经常有大便稀、大便不成形、消化不良的症状，经常容易被激惹到，发作的时间超过半年，一般肠功能的恢复可能需要更长的时间，为6-8周，这也是需要干预肠道功能以及菌群的基本时间。
但是肠功能紊乱的恢复时间也要因人而异，跟年龄也有关系，比如年纪比较轻的患者恢复较快，年龄增长较大的患者恢复较慢。另外，是否有某些基础病、经常使用某些药物，容易扰动到肠腔的功能，也会影响到恢复的时间，多数情况2周左右能得到良好的恢复。但是因为消化道没有痛觉，只有感觉，所以可能2-3 天觉得胃口变好，可以吃东西，即认为胃肠道功能已经恢复，实际上还没有真正地调整过来。