经期偏头痛，大部分情况下为遗传性偏头痛，或可能与心脏疾病相关，具体情况如下：
1、遗传因素：偏头痛通常是由遗传原因导致神经递质紊乱，从而引起血管性头痛，同时伴发三叉神经敏感度升高，出现剧烈头痛；
2、生理周期：部分女性头痛与生理周期有一定关系，女性月经期正好处于孕激素低水平而雌激素高水平的状态，可以造成血管痉挛、血液黏稠度升高，从而引起经期头痛发作，可发生于经前、经后或月经刚结束的1-2天；
3、心脏和神经疾病：部分患者可能存在卵圆孔未闭或隐性心脏瓣膜病，也会发生月经期发作性偏头痛。此外，中枢神经系统血管炎和人的雌激素水平演变有一定关联，因此可能出现类似于经期头疼的现象。