包皮起小水泡主要是感染造成，外生殖器是相对封闭的空间，而且男性的外生殖系统通常细菌、杂菌数量比较多，容易繁殖，容易导致外生殖器局部感染，但不用着急，可以通过保持良好的习惯帮助恢复，如勤洗澡、勤换内裤等。如果恢复、缓解不明显，可以使用含有抗生素成分的外用药膏，如红霉素软膏或几丁糖喷剂(医用几丁糖液体敷料)等。
一般通过在患处涂抹上述药膏1周左右，局部的感染可以得到比较好的控制。如果局部的小水泡越长越大，越长越多，甚至已经出现小水泡破溃、化脓等，这时最好还要口服抗生素来配合治疗，以便有效控制局部的感染。