在第二次根管治疗后，如果咬合痛是轻微疼痛，通常为正常现象，一般3-5天后慢慢消退。第二次根管治疗时，可能出现一定小创伤，在根尖区产生创伤性反应，会有组织渗出，牙齿咬合时会有疼痛感。特别是根尖部渗出，会将牙齿咬合面抬高，咬合时会有疼痛感。
如果第二次根管治后，出现较剧烈的疼痛，意味着根管里可能残留炎症。此时应先使用3-5天消炎药，包括广谱抗生素如头孢类、抗厌氧菌如甲硝唑类，炎症消失后，疼痛可在1周内缓解，属于正常情况。如果1周后疼痛仍较剧烈，且持续时间较长，则不是正常情况，应考虑重新进行根管治疗，将根管内充填物取出，必要时考虑做第三次根管治疗。