核磁共振检查是无创检查，像做B超、CT、核磁时，医生只负责开单，并不会手术前再谈话、签字，说明检查可能有伤害，但是做任何小操作时，不管取环、上环甚至更小的操作，都会要谈话、签字，因此核磁共振是非常安全的检查，本身没有痛苦，子宫内膜异位症的患者和其他人一样，不会因为得了子宫内膜异位症，做核磁就会有痛苦。
如果是磁波治疗，则为其他情况，其并非检查，需要谈话、签字，两者并不一样，其本意是造成肌腺瘤或者肌腺症坏死，因此会有一些疼痛感，多数临床患者可以耐受，但是也有个别人烧的肚皮有坏死状态出现，疼痛就很明显，技术提高可能减缓疼痛问题。
做核 磁共振检查并没有任何痛苦，做磁波治疗有一定疼痛，必要时可以用镇痛等方法进行缓解。