临床需要从丙肝抗体监测和丙肝核酸监测两方面，对丙肝进行检查。对于刚感染的人群，抗体出现的时间通常要晚于核酸检测的结果。通常感染丙肝病毒后，病毒在体内复制2-3周后即可查到丙肝核酸结果；8-12周即2-3个月，可以查到丙肝抗体。丙肝抗体出现前的时期称窗口期，即丙肝病毒进入体内可测得抗体出现前的时期。窗口期检查丙肝抗体呈阴性，但丙肝核酸呈阳性。
若存在可疑的感染途径检测丙肝，应该先监测丙肝核酸，再监测丙肝抗体。若存在更加可疑的情况，可以同时检测丙肝抗体和丙肝核酸。若在感染的2-3周内没有出现丙肝核酸，4周后再复查，同时检测丙肝抗体和丙肝核酸。