婴儿吸痰时，如果是在医院，通常采用吸痰机。吸痰机带有负压，是用一根较细的吸痰管连接吸痰机，从口咽部或鼻腔插入大气道，通过负压吸引将相应部位分泌物吸出。吸痰时间通常不宜过长，可以进行多次吸引，但也不适合特别频繁地操作。
此方法吸痰时毕竟是异物进入体内，小孩会有一定不适感，可能会反抗，从而可能引起黏膜损伤，出现吸出血的情况。但通常黏膜的修复能力较强，能够较快自愈。所以要根据病情判断、综合选择，包括此类有创性的吸痰治疗方式。
进行机械吸痰时，吸痰前通常会进行雾化，将痰液稀释。如有拍背机可以进行机械拍背，或进行手工拍背，尽量将痰液排出体外。