咽拭子的采集流程，包括被检查者在检查前的准备，以及采集的过程，在做咽拭子检查之前，被检查者要空腹，另外不要嚼口香糖。因为做咽拭子时，可能有恶心、呕吐的不良反应，空腹可以最大限度地减少呕吐的发生。
另外咀嚼口香糖，可以改变口腔的局部环境，影响由咽拭子而获取呼吸道标本的质量。所以在做咽拭子检查前要空腹，另外不要嚼口香糖。在做好准备后，到医院或者检查点做咽拭子的检测。
咽拭子检测时，医务人员会用长长的棉棒来擦拭咽腭弓或者扁桃体，获取呼吸道的标本。在获取呼吸道标本之后，咽拭子棉棒会放置在无菌的容器中，然后封闭，最后运送到实验室进行检测。