肠道有较多益生菌定植在肠壁，形成细菌屏障。肠道菌群失调或益生菌减少情况下，会引起临床症状，如出现腹部腹痛、腹泻、排便习惯或大便性状改变，严重可出现水样便。若益生菌减少，有害细菌增加，会引起肠道排出气体气味改变，如硫化氢、氨气产生增多，产生较臭气味。
若肠道细菌屏障遭到破坏，形成肠道细菌移位，亦可引起感染相关症状，表现为较严重腹痛、发热，甚至感染性休克。因此肠道内或累及全身症状疾病，均可发生肠道菌群失调、益生菌减少。一旦出现此种情况，在临床治疗过程中，可给予肠道益生菌补充治疗，有助于改善此 类症状。