如果新生儿皮肤黏膜有损害，或者是能取到皮肤黏膜的组织标本，在暗视野显微镜下直接检测到梅毒螺旋体，即可以诊断为先天性梅毒，这是临床金指标，在暗视野显微镜下查到梅毒螺旋体，直接就可以诊断。如果有条件，可做梅毒螺旋体的IgM抗体检测，若阳性也可确诊为先天性梅毒。也可采用采血化验，出生时梅毒螺旋体抗原血清学试验，也就是要查TPPA，必须是阳性。其次就是非梅毒螺旋体，也就是RPR，如果RPR滴度值大于母亲分娩前滴度的4倍，也可以确诊。
出生时如果TPPA阳性，而RPR阴性，此时就不能完全定诊，今后新生儿要经随访，如果在随访的任何一次过程中，RPR由阴性转阳或者是滴度上升，就 要考虑是否患有先天性梅毒的可能。再强调一点，出生后应当立即做化验检测，通常是第1一个月、第三个月要检测，以后每隔三个月要检测一次，直到第18月，也就是一年半的时间。