颅底凹陷是神经系统的先天性疾病，主要诊断标准是齿状突高于枕骨大孔的水平，从而造成颅底凹陷。主要的诊断手段是CT、X光片或核磁的相关检查，可以早期判断是否有颅底凹陷及颅底凹陷的轻重。如果颅底凹陷比较轻，而且不伴有相关的临床症状，患者无需进行特殊治疗。
如果颅底凹陷比较明显，且伴有相关的临床症状，患者则需要进行早期治疗。治疗手段包括手术治疗，进行颅底凹陷的复位，甚至对于有些患者需要进行内固定手术，改善患者临床症状。因此，对于颅底凹陷症主要根据影像学检查进行判断。如果患者合并相关的临床症状，则可能 需要进行手术治疗。