超声内镜和胃镜都要做胃镜。但是超声内镜是在普通胃镜的前端有超声探头，超声探头比腹部B超的探头更微型化，用于体内探查。所以超声内镜是将微型化的超声探头，通过胃镜送到体内进行检查。胃镜主要查看消化道的黏膜变化，超声内镜主要查看胃壁上的情况。
如果想要诊断胃壁黏膜下面是否病变，通过胃镜检查发现病变，考虑病变生成后，通过超声内镜，查看问题发生的部位。
另外还可以查看胃壁外面，如胰腺在人体的后腹部腹膜后，靠近后背。通过普通的体表彩超检查，由于前面隔着腹部的脏器、腹壁的脂肪，后面可能腰部、骨骼隔着肌肉，检查受到很大影响，可能看不清楚。
因为胃和胰腺临近，超声内镜可以通过胃壁直接检查胰腺，对胰腺最敏感。所以超声内镜主要用于检查胃壁和胃腔外的器官病变，这就是区别所在。