胃间质瘤基因突变导致患者罹患疾病，如果胃间质瘤比较小，一般不会产生特殊的症状，也没有不适、恶心、呕吐的症状，但没有及时发现，及时干预治疗，可能导致肿瘤逐渐增大，进而产生症状。肿瘤较大时可能会引起腹痛、腹部肿块、恶心、呕吐等症状，但这些症状很多消化道疾病都有，并不是胃间质瘤所特有，因此很容易被患者忽视。如果没有给予重视，不进行检查及规范的治疗，可能导致胃间质瘤向其他部位转移，进而影响患者的生命周期及生活质量。
如果胃间质瘤基因突变引起上述严重后果，可以选择手术治疗及靶向药物治疗，医生会根据具体情况进行综合评估。对于可切除的胃间质瘤，一般首选手术切除治疗，对于不可切除的胃间质瘤，可先使用靶向药物治疗使肿瘤缩小，然后再进行手术切除。当患者出现不适症状时，应立刻到医院就诊，早发现、早治疗。