牙齿根部牙龈发黑，常见原因如下：
1、黏膜黑斑：目前病因不清，可能是黑色素细胞异常分布的结果；
2、黏膜色素痣：在皮肤上经常可以看到色素痣，在口腔黏膜或牙龈边缘也可以形成色素痣，可能是点状色素痣，也可能是片状或块状色素痣，是痣细胞异常沉积、堆积的结果；
3、原发性慢性肾上腺皮质功能减退症：除皮肤发黑，牙龈边缘或口腔黏膜也有发黑现象；
4、吸烟：长期大量吸烟，烟草中的色素或有害物质沉积在牙龈上，使牙龈发黑；
5、外源性色素：沉着在牙龈边缘，比如在工厂工作，经常接触重金属，比如铅、汞，重金属可 以沉积在牙龈边缘，形成汞线、铅线；
6、龈下牙石：牙龈缘下方、牙颈部附着龈下牙石，或者是牙颈部形成的龋病，龋洞中的腐败、坏死组织颜色透出。
如果牙龈边缘出现发黑的现象，建议到正规医院的口腔科检查，查看是否需要进行进一步治疗。