肛瘘是肛周脓肿的慢性炎症阶段，主要因为肛门肛腺感染形成肛周脓肿自行破溃，或者切开引流以后脓液流出形成慢性炎症肉芽性管道。所以肛瘘是肛周脓肿的不同阶段，主要是由于肛腺感染所引起。肛腺开口位于肛窦，肛窦在肛门内，直肠肛门下段，像一个窝一样，大便容易积存，容易感染，形成肛窦慢性炎症，抵抗力下降时形成肛周脓肿，破溃以后形成肛瘘。
女性病人，尤其是月经期，局部卫生情况不佳，抵抗力下降，就容易出现局部炎症，发生肛瘘。实际男性发病率高于女性。为了减少肛瘘发生，应尽量注意局部清洁卫生、少吃辛辣刺激、减少熬夜、增强抵抗力、控制血糖、避免抵抗力下降。