全胃切除空肠代胃的并发症相对比较多，术后围手术期可能出现肺部感染、切口感染、腹腔脓肿、腹腔内出血、上消化道出血、十二指肠残端瘘、空肠残端瘘、乳糜漏、肺栓塞、心律不齐、胸腔积液、腹水、尿路感染、霉菌感染。远期并发症可能出现倾倒综合征、营养障碍、贫血，胆汁反流以及反流性食管炎。
因为胃在人体内主要是食物消化当中主要功能是储存食物，研磨食物，相当于仓库，营养物质吸收主要还是在小肠，全胃切除以后患者大部分不会存在营养问题，但术后吃饭是循序渐进的过程，要少量多餐，以流质、半流质为主，若患者恢复好身体比较好，在术后1-2 个月经过流质、半流质，慢慢可过渡到正常的饮食吃饭。