藿香正气水和藿香正气口服液是同一种中成药的不同剂型，两者最大的区别为是否含有酒精。藿香正气口服液是口服制剂，里面的敷料不含酒精。但是藿香正气水属于酊剂，含有一定的酒精成分。
如果使用藿香正气水，需注意不要和头孢这类药物联合使用，避免双硫仑样反应。但两种药的药物组成成分相同，主要包括广藿香油、紫苏叶油，还有白芷、厚朴、大腹皮、生半夏、陈皮、苍术，以及茯苓和甘草的浸膏。
此外两者的功效与作用也一样，即解表化湿、理气和中，用于治疗外感风寒、内伤湿滞，或夏伤暑湿所导致的感冒。症状可 见有头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐、泄泻等。对于这种胃肠型感冒，见到上述证候可以对证选用。
从临床疗效上，藿香正气水因含有酒精，其发散作用比较强，服用后可能起效比较快，药力比较强。但是也由于含有酒精，对于儿童这类患者不能使用。此外和一些药物有配伍禁忌，临床使用时需要加以注意。