任何治疗都有利有弊，试管婴儿同样也是如此，试管婴儿的并发症最主要之一是卵巢过度刺激。因为在做试管婴儿的时候，需要用很多药物来刺激卵泡，卵巢里面长出更多的卵泡，能拿出更多的卵子，试管婴儿的成功率则会高。但是如果用药过多，或者病人反应过度敏感，则会长很多的卵泡，会导致体内的雌激素水平过度地升高，过度升高的雌激素水平，会导致卵巢过度刺激，卵巢会变得很大。
同时体内的液体也会重新分布，血液里面的液体会转移到盆腔和腹腔里，导致腹水，严重的甚至会有胸水、呼吸困难、低蛋白血症，都会导致女性的健康状况进一步恶化。比如肝功能受损、肾功能受损，甚至有血栓形成等，最终导致女性的身体发生一些器质性，甚至是致命的变化。
试管婴儿大剂量的刺激，有可能会对乳腺、子宫肌瘤有刺激，会加重乳腺异 常的增生，子宫肌瘤会变得更大，或者子宫腺肌症也会变得更大，也是一些不利的因素。还有高雌激素引起血液浓缩后，容易形成血栓，而血栓不管是栓到什么地方，栓到脑子里、肺脏，均致命。栓到下肢静脉里，会引起腿疼，如果血栓脱落以后，则会导致肺栓塞的危险，所以这些都是做试管婴儿的并发症。此外，做试管婴儿的出生后代，在成人源性的疾病的发生率上，相对也会高一些。但是总的来说，畸形率还算在可控制的范围内。