试管婴儿可发生宫外孕，其宫外孕发生几率与自然妊娠相同。尤其是曾经发生过宫外孕，或者有输卵管手术史、输卵管不通的患者，宫外孕的几率可能增加。试管婴儿是指使用促排卵药物后进行取卵，然后取出精子，在体外形成受精卵、胚胎，再移植回子宫，这也可能造成宫外孕。
自然妊娠状态，通常在受精后7-8天，胚胎植入子宫内膜。但试管婴儿将胚胎放入子宫腔的时间，通常在受精后第3天，最多5-6天，所以将胚胎放入子宫后，胚胎还会在子宫内游走。某些情况下经过输卵管、子宫的开口，到达输卵管内，若胚胎继续长大，在应该着床于子宫内膜的时间无法回来，则会造成输卵管妊娠，即宫外孕。