复发性口腔溃疡的治疗没有最佳的药物，只有最适合的药物。口腔黏膜各个部位出现的圆形或椭圆形的小溃疡，主要表现为复发口腔溃疡的病症，又称为复发性阿弗他溃疡，具有周期性发作的特点，属中医学口干、口疡、口疮的范畴，使用药物进行治疗的同时，也要配合日常的饮食。某些外用药多作用在复发性口腔溃疡的局部来改善症状，如康复新液可以促进愈合，复方硼砂含漱液可以消炎，利多卡因凝胶可以止痛，促进愈合的药物有生长因子凝胶、冰硼散、溃疡贴片等。
部分药物作用在局部，可以同时从全身进行调整，如口咽清丸， 有敛疮生肌、清热降火、生津止渴的功效，含服于口腔溃疡的局部，可快速崩解起效，同时形成散剂覆盖溃疡的表面。其臣药马槟榔、薄荷、山豆根，可以起到清热去火的功效，可以由内而外起到良好的治疗作用，加快治愈的速度。患者还可以服用维生素C、维生素B，也可以服用一些对抗炎有效的药物，但是要注意一定要遵医嘱服药。在治疗期间患者要保证清淡的饮食，避免重油、重辣导致溃疡加重，可以多食富含维生素的食物，如胡萝卜、芹菜、西兰花、西瓜等，同时需要加强身体的锻炼，提高免疫力。