气管镜是呼吸科常用的检查手段，在临床上应用非常普及，也是呼吸科医生必备技能，一般情况下没有明确的后遗症。
部分患者在做完气管镜检查时可能会出现痰中带血、声音嘶哑的情况，一般1-2天能够自行缓解。在做气管镜的过程和之后确实会出现部分并发症，部分病人可能会出现气胸，与进行活检相关，在此过程中可能会出现低氧血症，可能会诱发心律失常、心肌梗死，甚至心跳骤停。
但是在做气管镜过程中需要进行心电监护，如果存在特殊情况，会及时进行相应处理。而在检查的过程中部分病人可能会出现喉痉挛，甚至可能会诱发哮喘。所以在此类病人身上，进行气管镜检查之前都要进行充分评估。
在做气管镜的过程中和之后，可能还会出现出血，进行相应活检取病理后可能会出现。如果出现出血的情况，在镜下或者静脉都可以运用止血方法进行止血。还有可能会在进行气管镜检查之后出现发烧，患者有可能感染细菌，出现菌血症、败血症，但是这些情况都非常少，因为医生都会严格进行无菌操作。
总体而言，进行气管镜检查相对比较安全。